㈠ 工程承包合同收取費用方式
總承包人對分包人工作進行總承包服務時，總承包人可按分包人簽訂分包合同價的一定費率向分包人計取總承包服務費。
需協商的總承包服務費。
分包人需要直接使用總承包人提供的設備設施相關實物服務（如分包人使用總承包人的物料提升機、水電、辦公用房）所需的費用，總承包人可向分包人收取配合服務費，配合服務費費率（費用）、支付時間由雙方協商確定，協商不成時，由發包人與監理共同指定費率（費用）及支付時間，且總承包人與分包人必須服從。分包工程如在總包開工前已基本完成，或在總承包負責的工程竣工後或退場後施工的，總承包人不得向分包人收取任何費用。
段進行結算。如對一般工業民用建築可以劃分為基礎、結構、裝飾、設備安裝等幾個階段。每階段工程完工後再進行結算。高層建築也可把每完成一層的施工作為一個結算段。公路工程也可分為基礎層和面層兩個結算段等。
有三種方式
（一）方式一
1、合同簽訂乙方進場十天後，甲方向乙方支付合同價款的20％作為備料款。
2、乙方完成合同工程量60％時，甲方向乙方支付合同總價款的60％的工程進度款。
3、乙方完成合同工程量95％時，甲方向乙方支付合同價款的80％。
4、工程竣工，並經甲方組織有關部門驗收合格後，甲、乙雙方一個月內辦理完結算，工程款支付到結算總金額的95％。
5、餘款為結算金額的5％，作為本工程的保修金，待本工程竣工驗收合格滿一年後七天內支付5％。
（二）方式二
1、合同簽訂後付預付20％。承包商提供銀行或有信譽的公司出具的，受益人為發包人，有效時間為90天的保函，保函為見索即付保函，即含有「在保函有效期內，發包人因承包人未能履行合同項下約定義務（以下簡稱「違約」）而要求收回預付款時，我行將在收到發包人簽署的聲明承包人違約的書面索賠通知紙質原件及本保函正本原件後七個式作日內，無條件支付給發包人累計總額不超過擔保金額的款項」的條款。保函保證的金額為元整。
2、完成工程總額的50％付已完工程額的30％。
3、完成工程額的80％付已完工程額的60％。
4、工程全部完成並驗收合格後付至已完工程額的85％。
5、決算完成後付至工程額的95％。
6、質保金5％二年。
（三）方式三
1、按月計量支付：即實行旬末預支或月中預支，月終按工程師確認的當月完成的有效工程量進行結算，竣工後辦理竣工結算。（指承包商可以在旬末或月中向業主提交預支工程款賬單，預支一旬或半月的工程款，月終再提交工程款結算賬單和已完工程的月報表，業主對這部分已完工程的質量驗收合格後，向承包商及時支付當月工程款。）
2、界面付款：即雙方約定按單項工程或單位工程的形象進度劃分不同階段進行結算。如對一般工業民用建築可以劃分為基礎、結構、裝飾、設備安裝等幾個階段。每階段工程完工後再進行結算。高層建築也可把每完成一層的施工作為一個結算段。公路工程也可分為基礎層和面層兩個結算段等。
3、竣工後一次結算：項目規模較小、工期較短（一般在12月以內）的工程，可以實行在施工過程中分幾次預支、竣工後一次結算的方法。
法律依據
《建築法》
第二十四條提倡對建築工程實行總承包，禁止將建築工程肢解發包。建築工程的發包單位可以將建築工程的勘察、設計、施工、設備采購一並發包給一個工程總承包單位，也可以將建築工程勘察、設計、施工、設備采購的一項或者多項發包給一個工程總承包單位。
㈡ 工程結算可以超過預算價或合同價多少才合法合規有法律法規依據嗎
沒有相關的法律法規依據說超過預算價或合同價多少才合法合規的，工程結算是施工企業按照承包合同和已經完成工程量向建設單位辦理工程價清算的經濟文件。
法律分析
沒有相關的法律法規說超過預算價或合同價多少才合法合規的，工程結算是施工企業按照承包合同和已經完成工程量向建設單位辦理工程價清算的經濟文件。工程結算是必須有合法的依據。在施工的過程中，工程結算的依據之一就是按照已經完成的工程進行結算，根據累計已經結算的工程價款占合同總價款的比例，並且能夠近似反映出工程的進度情況。工程結算的編制依據是1、有關法律、法規、規章制度和相關的司法解釋；2、建設行政主管部門以及各省、自治區、直轄市和有關部門發布的工程造價計價標准、計價辦法、有關規定及相關解釋；3、合同有施工方承包合同、專業分包合同及補充合同，有關材料、設備采購合同；4、招投標文件，包括招標答疑文件、投標承諾、中標報價書及其組成的內容；5、工程圖工程竣工圖或施工圖、施工圖會審記錄，經批準的施工組織設計，以及設計變更、工程洽商和會議紀要；6、復工報告、經批準的開、竣工報告或停；7、工程量清單計價規范或工程預算定額、費用定額及價格信息、調價規定等；8、工程預算書；9、影響工程造價的相關資料；10、安裝工程的定額基價。
法律依據
《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》 第二條 招標人和中標人另行簽訂的建設工程施工合同約定的工程范圍、建設工期、工程質量、工程價款等實質性內容，與中標合同不一致，一方當事人請求按照中標合同確定權利義務的，人民法院應予支持。 招標人和中標人在中標合同之外就明顯高於市場價格購買承建房產、無償建設住房配套設施、讓利、向建設單位捐贈財物等另行簽訂合同，變相降低工程價款，一方當事人以該合同背離中標合同實質性內容為由請求確認無效的，人民法院應予支持.