㈠ 工程承包合同收取费用方式
总承包人对分包人工作进行总承包服务时，总承包人可按分包人签订分包合同价的一定费率向分包人计取总承包服务费。
需协商的总承包服务费。
分包人需要直接使用总承包人提供的设备设施相关实物服务（如分包人使用总承包人的物料提升机、水电、办公用房）所需的费用，总承包人可向分包人收取配合服务费，配合服务费费率（费用）、支付时间由双方协商确定，协商不成时，由发包人与监理共同指定费率（费用）及支付时间，且总承包人与分包人必须服从。分包工程如在总包开工前已基本完成，或在总承包负责的工程竣工后或退场后施工的，总承包人不得向分包人收取任何费用。
段进行结算。如对一般工业民用建筑可以划分为基础、结构、装饰、设备安装等几个阶段。每阶段工程完工后再进行结算。高层建筑也可把每完成一层的施工作为一个结算段。公路工程也可分为基础层和面层两个结算段等。
有三种方式
（一）方式一
1、合同签订乙方进场十天后，甲方向乙方支付合同价款的20％作为备料款。
2、乙方完成合同工程量60％时，甲方向乙方支付合同总价款的60％的工程进度款。
3、乙方完成合同工程量95％时，甲方向乙方支付合同价款的80％。
4、工程竣工，并经甲方组织有关部门验收合格后，甲、乙双方一个月内办理完结算，工程款支付到结算总金额的95％。
5、余款为结算金额的5％，作为本工程的保修金，待本工程竣工验收合格满一年后七天内支付5％。
（二）方式二
1、合同签订后付预付20％。承包商提供银行或有信誉的公司出具的，受益人为发包人，有效时间为90天的保函，保函为见索即付保函，即含有“在保函有效期内，发包人因承包人未能履行合同项下约定义务（以下简称“违约”）而要求收回预付款时，我行将在收到发包人签署的声明承包人违约的书面索赔通知纸质原件及本保函正本原件后七个式作日内，无条件支付给发包人累计总额不超过担保金额的款项”的条款。保函保证的金额为元整。
2、完成工程总额的50％付已完工程额的30％。
3、完成工程额的80％付已完工程额的60％。
4、工程全部完成并验收合格后付至已完工程额的85％。
5、决算完成后付至工程额的95％。
6、质保金5％二年。
（三）方式三
1、按月计量支付：即实行旬末预支或月中预支，月终按工程师确认的当月完成的有效工程量进行结算，竣工后办理竣工结算。（指承包商可以在旬末或月中向业主提交预支工程款账单，预支一旬或半月的工程款，月终再提交工程款结算账单和已完工程的月报表，业主对这部分已完工程的质量验收合格后，向承包商及时支付当月工程款。）
2、界面付款：即双方约定按单项工程或单位工程的形象进度划分不同阶段进行结算。如对一般工业民用建筑可以划分为基础、结构、装饰、设备安装等几个阶段。每阶段工程完工后再进行结算。高层建筑也可把每完成一层的施工作为一个结算段。公路工程也可分为基础层和面层两个结算段等。
3、竣工后一次结算：项目规模较小、工期较短（一般在12月以内）的工程，可以实行在施工过程中分几次预支、竣工后一次结算的方法。
法律依据
《建筑法》
第二十四条提倡对建筑工程实行总承包，禁止将建筑工程肢解发包。建筑工程的发包单位可以将建筑工程的勘察、设计、施工、设备采购一并发包给一个工程总承包单位，也可以将建筑工程勘察、设计、施工、设备采购的一项或者多项发包给一个工程总承包单位。
㈡ 工程结算可以超过预算价或合同价多少才合法合规有法律法规依据吗
没有相关的法律法规依据说超过预算价或合同价多少才合法合规的，工程结算是施工企业按照承包合同和已经完成工程量向建设单位办理工程价清算的经济文件。
法律分析
没有相关的法律法规说超过预算价或合同价多少才合法合规的，工程结算是施工企业按照承包合同和已经完成工程量向建设单位办理工程价清算的经济文件。工程结算是必须有合法的依据。在施工的过程中，工程结算的依据之一就是按照已经完成的工程进行结算，根据累计已经结算的工程价款占合同总价款的比例，并且能够近似反映出工程的进度情况。工程结算的编制依据是1、有关法律、法规、规章制度和相关的司法解释；2、建设行政主管部门以及各省、自治区、直辖市和有关部门发布的工程造价计价标准、计价办法、有关规定及相关解释；3、合同有施工方承包合同、专业分包合同及补充合同，有关材料、设备采购合同；4、招投标文件，包括招标答疑文件、投标承诺、中标报价书及其组成的内容；5、工程图工程竣工图或施工图、施工图会审记录，经批准的施工组织设计，以及设计变更、工程洽商和会议纪要；6、复工报告、经批准的开、竣工报告或停；7、工程量清单计价规范或工程预算定额、费用定额及价格信息、调价规定等；8、工程预算书；9、影响工程造价的相关资料；10、安装工程的定额基价。
法律依据
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》 第二条 招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。 招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同，变相降低工程价款，一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的，人民法院应予支持.